膜污染是指进水中的颗粒、有机物、微生物、因浓缩析出的无机盐等污染物在膜表面附着与沉积，导致膜通量的下降的过程。常见的反渗透膜污染物包括胶体颗粒、无机盐结垢、有机物、微生物等。大部分的胶体污染物都被预处理设备去除，但仍有部分颗粒透过超滤，并在反渗透膜中形成胶体颗粒，引起反渗透膜的污堵。无机盐结垢也是反渗透膜常见的污染方式，由于反渗透是通过将原水的无机盐不断浓缩实现水的去离子，若因进水电导率过高、阻垢剂投加不当、系统回收率过高等原因引起水中朗格利尔指数LSI>0，则无机盐会在膜上沉淀出来。

预处理工艺一般对有机污染物的去除效果相对较差，有机物常进入反渗透系统形成污染，甚至有由于预处理过程中作为絮凝剂的聚丙烯酰胺投加过量而导致反渗透膜污染的案例。此外，若预处理过程中非氧化性、氧化性杀菌剂投加不及时，微生物进入反渗透系统，当环境适宜时就可以利用水中可降解的有机物进行繁殖，对反渗透膜造成污堵。

常见的反渗透膜组件的化学清洗方法分为酸洗和碱洗，酸洗一般采用无机酸（如盐酸或磷酸等）和有机酸（如柠檬酸等），能够有效地去除无机盐垢；碱洗一般采用氢氧化钠配合络合剂（如EDTA）和表面复合剂（如十二烷基硫酸钠）进行化学清洗，对有机物和胶体颗粒具有较好的去除效果。因此，针对有机物污染，一般先用碱性药液化学化学清洗，然后再用酸性药液进行化学清洗。如能确定膜为油类污染，应先用碱性化学清洗液后用酸性化学清洗液，避免油类物质被固化，增大化学清洗难度。对于生物污染，通常按先碱后酸的顺序化学清洗；无机盐垢则是直接采用酸性化学清洗。

需要注意的是，在酸洗过程中，应随时检查化学清洗液p H值变化，当在溶解无机盐类沉淀消耗酸且p H的增加超过0.5，则应向化学清洗箱内补充酸。